La seva missió és promoure el desenvolupament de les cooperatives mitjançant l'enfortiment de les capacitats institucionals, el posicionament reeixit al mercat del cafè, la representació i la incidència en les polítiques cap al sector dels petits productors de cafè, amb processos que asseguren la participació, equitat de gènere, transparència, qualitat i sostenibilitat.
La major part del cafè orgànic i el cafè de Comerç Just de Nicaragua està concentrada en les organitzacions associades a Cafenica. Aquestes produeixen el 15% i exporten el 12% de la producció total de Nicaragua.